Вирус, преображающий файлы и папки в ярлыки, представляет собой комбинацию вирусов трояна и червя. Он дублирует ваши файлы и папки и заменяет их. Наиболее надежным вариантом лечения будет очистка флешки с помощью команды DiskPart, это удалит всю информацию на ней.
И да, есть программы, помогающие защитить флешку, например, Bitdefender USB Immunizer (http://labs.bitdefender.com/projects/usb-immunizer/overview/) или Ninja Pendisk (http://www.ninjapendisk.com/).
